Sekolah Dasar Muhamamdiyah Program Khusus Jogonalan yang lebih dikenal dengan SD MPK Jogonalan berdiri pada bulan Juli 2014. Sekolah ini mendapat izin operasional pada tanggal 24 Desember 2014.
SD MPK Jogonalan merupakan sekolah yang dirintis oleh PCM Jogonalan dibawah Majelis Pendidikan Dasar Menengah dan Pendidikan Non Formal (Majelis Dikdasmen dan PNF)